PRM蛋白質(zhì)組學(xué)的數(shù)據(jù)處理流程

PRM蛋白質(zhì)組學(xué)的數(shù)據(jù)處理流程檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

PRM（Parallel Reaction Monitoring）作為靶向dànbáizhì組學(xué)的重要工具，具備高特異性、高靈敏度和優(yōu)異的定量重現(xiàn)性，廣泛應(yīng)用于生物標(biāo)志物驗(yàn)證、機(jī)制研究和臨床樣本定量分析。然而，高質(zhì)量PRM數(shù)據(jù)的獲取不僅依賴于質(zhì)譜平臺(tái)與實(shí)驗(yàn)流程的優(yōu)化，更離不開標(biāo)準(zhǔn)化、嚴(yán)謹(jǐn)?shù)臄?shù)據(jù)處理策略。本文將系統(tǒng)介紹PRMdànbáizhì組學(xué)數(shù)據(jù)處理的完整流程，從原始數(shù)據(jù)導(dǎo)入到定量報(bào)告輸出，幫助科研人員高效、準(zhǔn)確地解讀PRM數(shù)據(jù)。

一、PRMdànbáizhì組學(xué)原始數(shù)據(jù)采集與格式說明

PRM數(shù)據(jù)通常通過高分辨率質(zhì)譜儀（如Orbitrap Exploris系列）獲取，輸出的原始文件格式為 （Thermo平臺(tái)）或（SCIEX平臺(tái)）。這些文件記錄了每一個(gè)靶標(biāo)母離子的碎片離子全掃描信息，是后續(xù)定量分析的基礎(chǔ)。.raw.wiff

二、數(shù)據(jù)處理軟件選擇

Skyline平臺(tái) Skyline 是目前zuì常用于PRMdànbáizhì組學(xué)數(shù)據(jù)分析的開源軟件，具備：

1、多平臺(tái)兼容（支持Thermo、SCIEX、Agilent等數(shù)據(jù)格式）

2、多碎片離子圖譜可視化

3、支持穩(wěn)定同位素內(nèi)標(biāo)校準(zhǔn)

4、靈活的定量參數(shù)設(shè)定與批量導(dǎo)出功能

三、PRM數(shù)據(jù)處理的標(biāo)準(zhǔn)流程

1、構(gòu)建分析目標(biāo)列表（Peptide Targets）

（1）導(dǎo)入目標(biāo)蛋白對(duì)應(yīng)的肽段序列，可從數(shù)據(jù)庫（UniProt、ProteomeTools）獲取或由DDA、DIA實(shí)驗(yàn)篩選得出。

（2）設(shè)置酶解規(guī)則、肽段長度、修飾類型、前體電荷狀態(tài)等篩選參數(shù)。

2、導(dǎo)入原始數(shù)據(jù)文件

（1）將 文件導(dǎo)入Skyline。.raw

（2）軟件自動(dòng)匹配肽段的前體/碎片離子，根據(jù)設(shè)定的質(zhì)量窗口提取XIC（Extracted Ion Chromatogram）。

3、手動(dòng)審查峰形與積分范圍

（1）查看每個(gè)肽段對(duì)應(yīng)的碎片離子XIC圖。

（2）調(diào)整積分起止點(diǎn)，確保與內(nèi)標(biāo)肽對(duì)齊，避免共洗脫離子干擾。

4、定量離子選擇與評(píng)估

（1）通常選取響應(yīng)強(qiáng)、信號(hào)穩(wěn)定、峰形對(duì)稱的2~4個(gè)y離子用于定量。

（2）可利用“dotp”值（圖譜相似度）評(píng)估信號(hào)可信度。

5、內(nèi)標(biāo)校準(zhǔn)與標(biāo)準(zhǔn)曲線建立

（1）使用穩(wěn)定同位素標(biāo)記肽（SIL）進(jìn)行juéduì定量，計(jì)算目標(biāo)/內(nèi)標(biāo)的面積比。

（2）對(duì)于多點(diǎn)定量項(xiàng)目，可繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線，評(píng)估線性范圍與定量下限（LLOQ）。

6、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化與批間校正

（1）使用QC樣本（質(zhì)控樣本）監(jiān)測儀器穩(wěn)定性。

（2）可應(yīng)用Normalization策略（如總峰面積歸一、內(nèi)標(biāo)比值歸一）消除系統(tǒng)誤差。

7、結(jié)果導(dǎo)出與統(tǒng)計(jì)分析

（1）導(dǎo)出肽段水平或蛋白水平定量矩陣（.csv格式）。

（2）可導(dǎo)入R語言、Python或Perseus平臺(tái)進(jìn)行差異分析、聚類、可視化等下游統(tǒng)計(jì)處理。

四、PRMdànbáizhì組學(xué)數(shù)據(jù)質(zhì)量控制要點(diǎn)

1、重復(fù)樣本RSD應(yīng)<15%：評(píng)估樣本間重復(fù)性。

2、峰形對(duì)稱、無拖尾：判斷分離性能。

3、dotp值>0.8為佳：碎片圖譜與標(biāo)準(zhǔn)圖譜匹配度高。

4、LLOQ信噪比>10：確保低濃度定量可靠。

百泰派克生物科技構(gòu)建了嚴(yán)格的PRM數(shù)據(jù)分析體系，包括：

1、Skyline+Python自動(dòng)化流程：提升批量數(shù)據(jù)處理效率，減少人為誤差。

2、內(nèi)標(biāo)肽質(zhì)量審查機(jī)制：確保每批SIL肽響應(yīng)穩(wěn)定，線性曲線可控。

3、QC標(biāo)準(zhǔn)制定與儀器監(jiān)控體系：設(shè)置定期質(zhì)控圖譜，監(jiān)控關(guān)鍵質(zhì)譜參數(shù)（如RT、mass accuracy）。

4、跨批次一致性控制：使用Anchor肽段進(jìn)行批次間歸一化，確?？v向比較的科學(xué)性。

PRMdànbáizhì組學(xué)的數(shù)據(jù)處理不僅是一項(xiàng)技術(shù)操作，更是一套高度標(biāo)準(zhǔn)化與質(zhì)量控制并重的分析體系。只有確保從原始數(shù)據(jù)到定量結(jié)果的每一步都jīngzhǔn可控，才能zuì大限度釋放PRM技術(shù)在生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)與jīngzhǔn定量中的價(jià)值。百泰派克生物科技將繼續(xù)優(yōu)化PRM數(shù)據(jù)分析流程，助力科研客戶實(shí)現(xiàn)高質(zhì)量bǎxiàngdàn白定量研究。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

PRM蛋白質(zhì)組學(xué)的數(shù)據(jù)處理流程檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹