Shotgun Proteomics v

Shotgun Proteomics vs. Targeted Proteomics：研究選擇指南檢測技術服務詳情介紹

在dànbáizhì組學研究中，質譜技術已成為解析生命系統(tǒng)復雜性的重要工具。特別是Shotgun Proteomics（發(fā)現(xiàn)型dànbáizhì組學）與Targeted Proteomics（bǎxiàngdàn白zhìzǔxué）兩種主流策略，其技術原理、應用場景和數(shù)據(jù)特性各異，直接影響實驗設計與結果解讀。本文將系統(tǒng)比較這兩類方法，幫助科研人員在不同研究階段作出合理選擇。

一、Shotgun Proteomics：系統(tǒng)性探索的優(yōu)選策略

Shotgun Proteomics是一種自下而上的全譜掃描方法。實驗流程包括dànbáizhì酶解、肽段分離（LC）、質譜采集（MS/MS）與數(shù)據(jù)庫搜索鑒定。該策略可在單次實驗中檢測成百上千種蛋白，適用于未知機制探索、生物標志物篩選和復雜樣本比較等場景。

※ 其主要特點包括：

• 通量高：可覆蓋大多數(shù)可檢測蛋白；

• 依賴數(shù)據(jù)庫：鑒定效率與數(shù)據(jù)庫質量密切相關；

• 相對定量：常用Label-free或TMT/iTRAQ等方法進行相對表達量分析；

• 數(shù)據(jù)復雜：對質譜平臺和生信分析要求較高。

盡管靈敏度和重現(xiàn)性不及靶向方法，但在發(fā)現(xiàn)階段具備bùkětìdài的廣譜性與信息量優(yōu)勢。

二、Targeted Proteomics：驗證與定量的jīngquè利器

Targeted Proteomics是一種聚焦特定蛋白/肽段的jīngzhǔn定量策略，常見模式包括SRM/MRM、PRM等。研究者在實驗前確定目標肽段，通過定向監(jiān)測實現(xiàn)高靈敏度、高特異性的檢測，特別適合候選靶點驗證、臨床樣本定量及方法開發(fā)等需求。

※ 其核心優(yōu)勢：

• 定量準確：與內(nèi)標聯(lián)合使用時可實現(xiàn)juéduì定量；

• 重現(xiàn)性強：跨批次實驗間一致性高；

• 檢測限低：適合低豐度蛋白的jīngzhǔn測定；

• 流程標準化：利于方法在不同平臺間遷移。

Targeted方法對前期方法開發(fā)依賴較大，需明確目標蛋白序列、肽段特征及離子轉itions，但一旦建立，可廣泛應用于高通量臨床轉化研究。

三、核心技術對比

四、策略選擇：依據(jù)研究目的與資源條件

※ 初步探索與機制構建：優(yōu)先選擇Shotgun

當研究目標尚不明確，需在組織、細胞或體液等樣本中全局篩查差異蛋白或構建調(diào)控網(wǎng)絡時，Shotgun Proteomics能提供zuì大信息覆蓋。其不依賴先驗知識的特性，使其成為新型生物標志物發(fā)現(xiàn)和機制假設生成的shǒuxuǎn技術。

※ 靶點驗證與定量研究：推薦使用Targeted

若已明確候選蛋白，需在多組樣本中jīngquè定量其表達水平，或評估其生物學穩(wěn)定性與診斷潛力，Targeted Proteomics更具優(yōu)勢。特別在生物醫(yī)學轉化研究中，靶向方法提供的高一致性和juéduì定量能力可滿足臨床驗證的嚴格需求。

※ 綜合使用：探索與驗證的有效結合

在系統(tǒng)生物學研究中，常采用Shotgun初篩+Targeted驗證的聯(lián)合策略。前者完成差異蛋白鑒定與通路分析，后者針對重點靶點開展定量驗證，實現(xiàn)從發(fā)現(xiàn)到驗證的閉環(huán)證據(jù)鏈。

五、實踐建議：從需求出發(fā)優(yōu)化設計

• 樣本類型復雜且目標不明：優(yōu)先采用Shotgun進行全譜分析；

• 研究周期有限但靶點明確：可跳過全譜直接開展靶向定量；

• 資源允許且研究深入：建議整合兩種策略，提升研究深度與可靠性。

Shotgun與Targeted Proteomics各有優(yōu)勢，適用于不同研究階段與科研目標。理解兩者原理及應用差異，是jīngzhǔn開展dànbáizhì組學研究的前提。在實驗設計中合理整合這兩種策略，能顯著提升數(shù)據(jù)解釋力與研究影響力。在dànbáizhì組學服務中，百泰派克生物科技提供包括DIA、TMT、PRM在內(nèi)的多種技術平臺，結合自動化樣本前處理與高分辨率質譜設備，實現(xiàn)從“廣泛發(fā)現(xiàn)”到“jīngzhǔn驗證”的一體化服務流程。我們通過標準化流程與定制化分析，協(xié)助客戶在基礎研究與臨床轉化間高效橋接。如需獲取個性化方案建議或合作咨詢，歡迎聯(lián)系我們。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上*的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、bǎxiàngdàn白zhìzǔxué、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統(tǒng)進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數(shù)據(jù)轉換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術*，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優(yōu)質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質的生物質譜分析服務!

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