聯(lián)系電話
- 聯(lián)系人:
- 楊經(jīng)理
- 電話:
- 021-50724187 021-50724961
- 手機:
- 15921799099
- 傳真:
- 021-50724961
- 地址:
- 上海浦東川沙鎮(zhèn)川沙路6619號上海起發(fā)實驗試劑有限公司
- 個性化:
- www.qfbio.com
- 網(wǎng)址:
- www.qfbio.com
掃一掃訪問手機商鋪
celldatasci CD501說明書
RNAstorm FFPE RNA Extraction Kit
Catalog No. CD501
從FFPE組織樣品中提取RNA的適合解決方案。包括可處理多達50個樣品的試劑。
RNAstorm™試劑盒 - 從FFPE樣品中提取強大的RNA
福爾馬林固定的組織樣品是RNA提取的挑戰(zhàn),通常導(dǎo)致可擴增的RNA的低產(chǎn)率和在涉及酶操作的后續(xù)步驟中的差的性能,包括逆轉(zhuǎn)錄和測序文庫制備。
RNAstorm™提取試劑盒采用專有的CAT5™技術(shù),可增強甲醛誘導(dǎo)損傷的去除,并為RNA提供更高的產(chǎn)量和質(zhì)量,更好的完整性和更高的可擴增性。該技術(shù)由Cell Data Sciences研究人員開發(fā),基于斯坦福大學(xué)開展的研究,并于2015年在Nature Chemistry上發(fā)表。
無論您是進行RNA-seq,qPCR,微陣列還是其他基因表達分析,RNAstorm™試劑盒都是您獲得成功的適合機會。
一個簡單方便的工作流程
RNAstorm試劑盒為從FFPE樣品中提取高產(chǎn)量和高完整性RNA提供了便利的工作流程。
該試劑盒還可與DNAstorm™試劑盒結(jié)合使用,從同一組織切片中獲得純DNA和RNA。
可擴增RNA的產(chǎn)量更高
使用來自各種組織的FFPE樣品的RNAstorm™試劑盒可以看到RNA產(chǎn)量和質(zhì)量的顯著改善(通過可擴增RNA的量來衡量),其年齡范圍從1976年到2015年。
通過FFPE組織的定量RT-PCR比較RNA回收率。“Q”代表競爭性商業(yè)FFPE提取試劑盒。
更高完整性RNA
對于使用RNAstorm TM試劑盒提取的RNA相對于流行的商業(yè)試劑盒,觀察到增加的DV 200值。DV 200表示使用Agilent Bioanalyzer RNA 6000納米試劑盒測量的長度大于200nt的RNA的百分比。
使用來自RNAstorm TM試劑盒和試劑盒Q所見的相同樣品的RNA獲得的BioAnalyzer痕跡的示例性疊加顯示如下。

應(yīng)用 | RNAseq,PCR,qPCR / RT-PCR,微陣列 |
套件格式 | 手動(包括20/50旋轉(zhuǎn)柱); 磁珠套件即將推出 |
DNase處理步驟 | 包括 |
輸入樣本 | 福爾馬林固定樣品(石蠟包埋或固定劑) |
推薦的輸入樣本量 | 1-4節(jié)(每節(jié)5-10微米) |
分離的RNA類型 | 總RNA(包括miRNA) |
隔離時間 | 50分鐘的動手時間 |
每個套件包括: | 旋轉(zhuǎn)柱
|
經(jīng)常問的問題
使用RNAstorm™試劑盒獲得的RNA中是否存在任何污染的基因組DNA?
基因組DNA的污染是一個很大的問題,因為它可以干擾下游應(yīng)用。RNAstorm™試劑盒包括優(yōu)化的DNase消化步驟,可去除污染的基因組DNA,而不會顯著影響RNA產(chǎn)量。雖然此步驟是可選的,但強烈建議您這樣做。
我可以從FFPE樣本中獲得多少RNA?
影響獲得的RNA總量的大變量是樣品本身的質(zhì)量(即組織的類型和數(shù)量,以及分離和保存樣品時的護理)。使用RNAstorm™試劑盒,并假設(shè)至少合理的樣品質(zhì)量,可以獲得大于1微克的量。
使用RNAstorm™試劑盒獲得的RNA可以用于RNA-Seq嗎?
是。只要RNA具有足夠高的質(zhì)量,就可以獲得高質(zhì)量的文庫。對于Illumina測序,建議使用至少30%的DV200,并且應(yīng)使用提供至少1μgRNA的樣品。
如何準(zhǔn)備組織?
使用切片機從FFPE樣品中獲得5-10μm切片。如果可以可靠地切割,則可以使用厚度小于5μm的部分。建議不要使用厚度超過10微米的部分,因為它們可能無法*消化。此外,每次提取應(yīng)使用不超過5個部分(每個10μM)。使用過多的組織會導(dǎo)致消化不*并降低產(chǎn)量。
我可以使用非石蠟包埋的組織嗎?
是的,可以使用未包埋在石蠟中的組織。在這種情況下,我們建議機械研磨相當(dāng)于推薦部分?jǐn)?shù)量的組織。
我可以使用FFPE核心嗎?
是的,可以使用FFPE核心。由于核心不使用切片機進行處理,因此如果觀察到不*消化,則推薦樣品消化更加困難并且建議進行機械均質(zhì)化(例如使用鋼珠)。
你推薦哪種脫蠟方法?
RNAstorm™試劑盒包括推薦的Deparaffinization Reagent。與其他常用方法(例如二甲苯)不同,脫石蠟試劑是,無毒的,不需要使用通風(fēng)櫥。在我們的測試中,所包含的試劑在去除石蠟和允許純化高質(zhì)量核酸方面至少與二甲苯一樣有效。
定量從FFPE樣品中獲得的RNA的適合方法是什么?
源自FFPE的RNA比從新鮮樣品獲得的RNA更準(zhǔn)確地定量。僅知道RNA的量是否足夠,以及RNA是否適用于下游應(yīng)用,這取決于以下因素:
- 片段大小分布:如果RNA-Seq由<200nt的片段組成,則5μg樣品(通過Qubit測量)對RNA-Seq無用。
- 化學(xué)修飾:對于從福爾馬林固定的樣品中獲得的RNA,各種化學(xué)加合物和交聯(lián)(包括堿基修飾,堿基交聯(lián)和堿 - 蛋白質(zhì)交聯(lián))可使核酸分子不能被酶接近,因此在下游應(yīng)用中無活性。
- 污染:純化過程中使用的細胞碎片,蛋白質(zhì),鹽和清潔劑可能會影響下游檢測。例如,基于UV / Vis的方法如Nanodrop特別容易受到在200-280nm范圍內(nèi)吸收的污染物的影響。
- 基于熒光的方法如Qubit容易出現(xiàn)明顯錯誤。使用低濃度的DNA或RNA時,基于染料的檢測可能不是線性的。還必須注意RNA樣品中基因組DNA的污染,因為用于熒光定量的染料并不*特異于FFPE衍生的DNA或RNA。
- 定量PCR是定量嚴(yán)重受損和修飾的核酸的優(yōu)選方法。
RIN編號是否應(yīng)用于確定FFPE衍生RNA的質(zhì)量?
雖然RIN數(shù)可以提供有關(guān)樣品碎片程度的一般信息,但它不是敏感或可預(yù)測的,不足以成為下游性能的有用指標(biāo),特別是對于RNA-Seq。通常,F(xiàn)FPE衍生的RNA的RIN數(shù)字將在2到3之間。這些樣本中的一些將用于RNA-Seq,而其他樣本則不會--RIN不會告訴您。
使用Illumina測序在RNA-Seq中稍微更好的預(yù)測性是DV200,其代表長于200個核苷酸的RNA片段的百分比。DV200也是基于Bioanalyzer數(shù)據(jù)計算的,但是存在與所有基于生物分析儀的方法相同的缺點,特別是高變異性。
從FFPE樣品中提取RNA時我需要知道什么?
- 避免使用基于有機溶劑的方法(Trizol)
- 避免使用刺激的離液鹽(即胍鹽)
- 避免使用UV和/或Qubit影響下游定量的洗滌劑(例如Triton X-100)
- 不要依賴RIN來定量FFPE衍生樣品的完整性。看看為什么。請改用DV200。
- 使用從福爾馬林中去除化學(xué)修飾的試劑盒或方法。不要將溫度升至80?C或更高。即使在此溫度下短時間也會顯著降低完整性。
- 警惕Qubit和Nanodrop濃度,因為有可能被有機分子或DNA污染。
- 使用qPCR定量RNA,并始終仔細查看解鏈曲線,以確定是否可能發(fā)生非特異性擴增。