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解決方案│高性能酶原料助力甲基化單鏈建庫

2023-8-16  閱讀(223)

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DNA甲基化是潛力的早篩及MRD的標志物,基于NGS的甲基化檢測中,重亞硫酸氫鹽轉化是DNA甲基化檢測的“金標準",轉化率可達99.5%以上,但重亞硫酸鹽處理會導致嚴重的DNA損傷、片段化及解鏈。此外,一些低質量或嚴重降解的DNA(cfDNA、ctDNA、FFPE DNA、古生菌DNA等)中也含有大量的DNA單鏈,采用常規(guī)雙鏈建庫,文庫轉化效率較低,測序數據質量差。而單鏈建庫可以大幅提高DNA原始分子的利用率,提高文庫的復雜性,在低起始量樣本的甲基化文庫和基因組文庫構建中具有顯著的優(yōu)勢。


 

圖1. 甲基化單鏈建庫流程圖

 

 
甲基化單鏈建庫流程
 

甲基化轉化:重亞硫酸鹽(Bisulfite)處理DNA,使未甲基化的C轉化為U;

 

變性:雙鏈DNA變性為單鏈DNA;

 

3’接頭連接:TdT末端轉移酶催化單鏈DNA的3’羥基端加上同聚物尾巴(poly C),E.coli DNA Ligase 連接3’接頭;

 

二鏈合成:DNA Ploymerase I或Klenow Fragment進行單鏈DNA互補鏈合成;

 

5’接頭連接:T4 DNA Ligase 連接5’接頭;

 

文庫擴增:耐U高保真DNA聚合酶擴增,獲取含有完整接頭序列的上機文庫。

翌圣通過ZymeEditor酶改造平臺對用于單鏈建庫的全套酶原料進行性能提升及工藝優(yōu)化,用于單鏈建庫可顯著提高文庫轉化率,助力甲基化檢測。

 

 

性能展示
01
不同投入量Human gDNA單鏈建庫,文庫產量更高
 
 
對不同投入量的Human gDNA進行亞硫酸鹽轉化,使用翌圣全套建庫酶原料進行單鏈建庫,結果顯示使用翌圣酶原料進行單鏈建庫,文庫產量顯著優(yōu)于進口品牌(圖2),Map率(圖3)及Dup率(圖4)與進口品牌相當。

圖2. 不同投入量gDNA建庫產量

 

圖3.不同投入量gDNA map率

 

圖4.不同投入量gDNA Dup率

 

02
不同類型樣本進行單鏈建庫,文庫產量更高
 
 

對cfDNA及FFPE DNA樣本進行亞硫酸鹽轉化,使用翌圣全套建庫酶原料進行單鏈建庫,結果顯示使用翌圣酶原料進行單鏈建庫,文庫產量顯著優(yōu)于進口品牌(圖5 A),map率(圖5 B)及Dup率(圖5 C)與進口品牌相當。

 

圖5. 不同樣本單鏈建庫產量、Map率及Dup率

 

 

單鏈建庫解決方案

產品定位產品名稱產品貨號
亞硫酸氫鹽轉化Hieff® Mag DNA Methylation Bisulfite Kit12223ES
3’端添加poly CTerminal Deoxynucleotidyl Transferase末端轉移酶10302ES
3’接頭連接E. coli DNA ligase (60 U/μL)14955ES
Taq DNA Ligase11051ES
DNA二鏈合成DNA polymerase I12903ES
Klenow Fragment14458ES
Klenow Fragment (3'→5' exo-)14460ES
5’接頭連接Hieff® Quick T4 DNA Ligase10301ES
PCR文庫擴增Hieff Canace® Uracil+ High-Fidelity DNA polymerase (1 U/μL)10145ES
完整甲基化建庫試劑盒Hieff NGS® Methyl-seq DNA Library Prep Kit for Illumina® V212221ES



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