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原子力顯微鏡研究對象可以是有機固體、聚合物以及生物大分子等，樣品的載體選擇范圍很大，包括云母片、玻璃片、石墨、拋光硅片、二氧化硅和某些生物膜等，其中zui常用的是新剝離的云母片，主要原因是其非常平整且容易處理。而拋光硅片要用濃硫酸與30%雙氧水的7∶3 混合液在90 ℃下煮1h。利用電性能測試時需要導電性能良好的載體，如石墨或鍍有金屬的基片。
試樣的厚度，包括試樣臺的厚度，zui大為10 mm。如果試樣過重，有時會影響Scanner的動作，請不要放過重的試樣。試樣的大小以不大于試樣臺的大?。ㄖ睆?0 mm）為大致的標準。稍微大一點也沒問題。但是，zui大值約為40 mm。如果未固定好就進行測量可能產生移位。請固定好后再測定。
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