scRNA 單/微量細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
- 品牌 其他品牌
- 型號(hào) scRNA
- 產(chǎn)地
- 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
- 更新時(shí)間 2025/4/17 16:53:45
- 訪問次數(shù) 74
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常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測序通常只能研究一個(gè)細(xì)胞群體的整體RNA轉(zhuǎn)錄水平,而單細(xì)胞/微量細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序(Single cell RNA sequencing)是在單個(gè)細(xì)胞/微量細(xì)胞水平對(duì)mRNA進(jìn)行高通量測序的一項(xiàng)新技術(shù)。
易基因采用基于Smart-seq2的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫技術(shù),能夠高靈敏度、無偏好地高效擴(kuò)增單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄本cDNA,針對(duì)單個(gè)細(xì)胞研究其整體水平的基因表達(dá)情況,可以解決常規(guī)RNA-seq在細(xì)胞分子機(jī)制研究中無法解決的細(xì)胞異質(zhì)性、細(xì)胞量起始量少等問題。單細(xì)胞/微量細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)主要用于在全基因組范圍內(nèi)挖掘基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò),尤其適用于存在高度異質(zhì)性的干細(xì)胞、腫瘤細(xì)胞及胚胎發(fā)育早期的細(xì)胞群體。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析有助于深入理解細(xì)胞分化、細(xì)胞重編程及轉(zhuǎn)分化等過程及相關(guān)的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
技術(shù)優(yōu)勢：
? 超低起始量:單細(xì)胞或超低的建庫RNA起始量；
? 全長mRNA測序：相比10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序,本技術(shù)除進(jìn)行全長mRNA測序外，更多的可應(yīng)用于多樣本量單細(xì)胞檢測。
實(shí)驗(yàn)策略：
材料選取→細(xì)胞樣本制備(1～1000個(gè)新鮮細(xì)胞)→文庫構(gòu)建(smart-seq2)→文庫質(zhì)控→高通量測序
分析內(nèi)容：
注：個(gè)性化分析、多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析請(qǐng)聯(lián)系對(duì)接銷售或技術(shù)支持
送樣要求：
送樣要求 | 項(xiàng)目周期 |
? 細(xì)胞分離:由合作方完成單細(xì)胞分離(低起始量除外)； ? 樣本要求:單個(gè)細(xì)胞,微量細(xì)胞等稀有樣本或者pg以上的mRNA； ? 建庫技術(shù):smart-seq2技術(shù)。 | 20個(gè)樣本以下標(biāo)準(zhǔn)流程的運(yùn)轉(zhuǎn)周期約為36個(gè)工作日。遇到樣本數(shù)目較多時(shí)，項(xiàng)目周期需要與技術(shù)支持人員確定。 |
經(jīng)典案例
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序揭示人CD127+先天淋巴細(xì)胞的異質(zhì)性
Bjorklund, Asa K., et al. "The heterogeneity of human CD127+ innate lymphoid cells revealed by single-cell RNAsequencing." Natureimmunology 17.4 (2016):451.
1、背景
先天淋巴細(xì)胞(ILCs)是一種免疫細(xì)胞,它通過釋放可溶性的因素調(diào)節(jié)對(duì)病毒、細(xì)菌和寄生蟲的早期免疫反應(yīng),這些細(xì)胞可以根據(jù)細(xì)胞表面的轉(zhuǎn)錄因子及細(xì)胞因子被分為三個(gè)亞型,每種亞型都有不同的功能。
2、方法
利用流式細(xì)胞儀分選患有阻塞性睡眠呼吸暫停綜合癥患者的扁桃體組織中的ILCs(Lin-CD127+)和NK cels(CD45+Lin-CD127-NKG2A+CD56+CD16-)。采用Smart-seq2進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增建庫;lumina Hiseg 2000 3M reads /樣本進(jìn)行測序分析。
3、結(jié)論
1、細(xì)胞分型和亞細(xì)胞類型差異表達(dá)分析采用PCA(主成分分析)和t-SNE對(duì)ILC中847個(gè)表達(dá)的基因進(jìn)行分型分析,將細(xì)胞分為4類:ILC1、LC2、LC3、NK cels,應(yīng)用SCDE軟件包對(duì)4類細(xì)胞的差異基因進(jìn)行分析,找出共有及有差異基因,結(jié)果發(fā)現(xiàn),CD127+LCs中共有的差異基因的表達(dá)量比NK細(xì)胞中明顯要高。ILC1、ILC2、兒LC3差異基因表達(dá)分析,結(jié)果表明,LC1 cels共有79個(gè)上調(diào)表達(dá)基因,參與干擾素!的調(diào)控,兒C2 cells共有58個(gè)上調(diào)表達(dá)的基因,在前列腺素、Notch信號(hào)通路及環(huán)境感應(yīng)中發(fā)揮作用,LC3 cells共有371個(gè)上調(diào)表達(dá)的基因,根據(jù)GO注釋有85個(gè)與免疫相關(guān),且存在未知功能的基因。
2.ILC3細(xì)胞亞型分析采用PCA和t-SNE分析ILC3中1.958個(gè)注釋的免疫基因,將ILC3分為3個(gè)亞型:clusterA、cluster B、clusterc,通過對(duì)這3種亞型細(xì)胞的分析,發(fā)現(xiàn)了新的免疫細(xì)胞CD62L+ ILC3。本研究通過對(duì)648個(gè)單細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的分析,應(yīng)用t-SNE細(xì)胞分型、SCDE基因差異表達(dá)分析,在ILC3中發(fā)現(xiàn)新的免疫細(xì)胞CD62L+ILC3。
參考文獻(xiàn)：
① DOI:10.1038/ni.3368
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