從實(shí)驗(yàn)到數(shù)據(jù)分析：一步步教你開展ABPP

從實(shí)驗(yàn)到數(shù)據(jù)分析：一步步教你開展ABPP實(shí)驗(yàn)檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

與蛋白組學(xué)方法不同，ABPP（Activity-Based Protein Profiling）不僅能識(shí)別蛋白的表達(dá)，還能捕捉其“活性狀態(tài)”，尤其適用于如蛋白酶、磷酸酶、脫?；傅日{(diào)控復(fù)雜的功能蛋白。那么，如何系統(tǒng)地開展一次完整的ABPP實(shí)驗(yàn)？從探針選擇到質(zhì)譜分析，從樣本處理到數(shù)據(jù)解讀，本文將一步步帶你拆解ABPP實(shí)驗(yàn)的完整流程，為你的研究提供清晰、高效的操作指南。

一、ABPP實(shí)驗(yàn)的完整流程

1、確定研究目標(biāo)與酶類家族

開展ABPP實(shí)驗(yàn)的dìyī步是明確研究目標(biāo)：你希望分析哪類酶？在哪種生物模型或處理?xiàng)l件下進(jìn)行？常見的目標(biāo)包括：

（1）篩選腫瘤中活性異常的蛋白酶

（2）驗(yàn)證候選藥物對(duì)目標(biāo)酶的作用

（3）分析炎癥或凋亡信號(hào)通路中活性酶的調(diào)控模式

不同的酶類需要設(shè)計(jì)或選擇特異性的ABP（Activity-Based Probe），因此目標(biāo)酶的確定決定了后續(xù)的探針策略和數(shù)據(jù)分析路徑。

2、選擇或定制活性探針（ABP）

ABP 是 ABPP 成功的關(guān)鍵工具，結(jié)構(gòu)上一般由以下三部分組成：

3、探針標(biāo)記ABPP實(shí)驗(yàn)樣本

標(biāo)記實(shí)驗(yàn)的執(zhí)行步驟主要分為兩種模式：

（1）細(xì)胞裂解液標(biāo)記（in vitro）

* 提取細(xì)胞/組織蛋白，保持酶活性

• 與探針混合孵育（30–60 min）

• 終止反應(yīng)并進(jìn)行下游處理

適用于酶篩選或藥物作用機(jī)制研究。

（2）活細(xì)胞或組織標(biāo)記（in situ/in vivo）

* 直接在活細(xì)胞中添加探針

• 反應(yīng)完成后快速裂解

• 捕獲在原位狀態(tài)下的酶活性圖譜

更接近生理狀態(tài)，但需注意探針通透性和毒性。

4、富集與酶解

標(biāo)記完成后，下一步是將被標(biāo)記的“活性酶”從復(fù)雜背景中富集出來(lái)：

（1）若使用shēngwùsù標(biāo)記 → 使用鏈霉親和磁珠進(jìn)行親和純化

（2）若使用點(diǎn)擊基團(tuán) → 進(jìn)行點(diǎn)擊反應(yīng)后連接到富集載體（如Biotin-Azide）

富集完成后，用yídànbáiméi（Trypsin）等進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)蛋白酶解反應(yīng)，為后續(xù)質(zhì)譜檢測(cè)準(zhǔn)備肽段。

5、質(zhì)譜檢測(cè)（LC-MS/MS）

樣本準(zhǔn)備好后，進(jìn)入高分辨率質(zhì)譜分析階段。建議使用如下策略：

（1）儀器平臺(tái)：如Orbitrap Exploris 480，適合高通量、高精度需求

（2）分離方式：納升級(jí)反相色譜（nanoLC）可提升肽段分離能力

（3）檢測(cè)模式：可選擇DDA（數(shù)據(jù)依賴采集）或DIA（數(shù)據(jù)獨(dú)立采集）

（4）定量方法：支持Label-Free、TMT、iTRAQ等多種定量策略

此階段獲取的ABPP實(shí)驗(yàn)原始數(shù)據(jù)為后續(xù)構(gòu)建活性圖譜提供核心信息。

6、數(shù)據(jù)分析與活性譜圖繪制

ABPP的zuì終目標(biāo)是生成一份活性蛋白圖譜。數(shù)據(jù)分析流程主要包括：

（1）肽段鑒定與定量

利用zhuānyè軟件（如MaxQuant、Proteome Discoverer）進(jìn)行肽段識(shí)別、定量。

（2）特異性篩選

只保留已成功標(biāo)記（被探針捕獲）的蛋白，去除背景信號(hào)。

（3）活性變化分析

比較不同處理組（如藥物處理 vs 對(duì)照）的酶類活性水平差異，常用log2 fold change + FDR篩選。

（4）功能注釋與通路富集

結(jié)合GO、KEGG、Reactome數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)高活性或差異酶類進(jìn)行功能分類與通路分析，提煉生物學(xué)意義。

（5）圖譜展示

輸出蛋白酶活性熱圖、分子互作網(wǎng)絡(luò)、通路富集圖等，輔助撰寫論文或申請(qǐng)zhuānlì。

二、常見問(wèn)題解答（FAQ）

Q1：ABPP實(shí)驗(yàn)可用于哪類蛋白？ 主要用于具有活性位點(diǎn)、可被探針共價(jià)修飾的酶類蛋白，如蛋白酶、磷酸酶、泛素化酶等。

Q2：探針?lè)翘禺愋匀绾谓鉀Q？ 可通過(guò)空白組+競(jìng)爭(zhēng)抑制組進(jìn)行背景去除，并優(yōu)化探針濃度與反應(yīng)時(shí)間。

Q3：數(shù)據(jù)重復(fù)性如何保證？ 推薦進(jìn)行≥3次生物學(xué)重復(fù)，同時(shí)采用TMT等方法減少批次效應(yīng)。

三、百泰派克生物科技：ABPP全流程一站式服務(wù)平臺(tái)

為降低ABPP實(shí)驗(yàn)的技術(shù)門檻、提升實(shí)驗(yàn)成功率，百泰派克生物科技提供以下服務(wù)：

1、多種活性探針篩選與合成（支持定制化設(shè)計(jì)）

2、全流程實(shí)驗(yàn)操作（從樣本處理到富集酶解）

3、高分辨質(zhì)譜檢測(cè)與分析

4、差異蛋白活性分析、通路注釋與圖譜輸出

借助*的Orbitrap平臺(tái)和功能蛋白組學(xué)分析體系，百泰派克助力您高效完成從活性識(shí)別到靶點(diǎn)挖掘的科學(xué)探索。

ABPP的價(jià)值在于，它不僅揭示蛋白的“在”與“不在”，更回答“活著的，正在起作用的，是誰(shuí)”。掌握ABPP，不僅是掌握一種技術(shù)，更是打開了理解dànbáizhì功能狀態(tài)和jīngzhǔn靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)的大門。歡迎聯(lián)系百泰派克生物科技，獲取ABPP實(shí)驗(yàn)流程的zhuānyè培訓(xùn)與項(xiàng)目支持，助您從表達(dá)組跨越到功能組！

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)*，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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