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SOCS-3 蛋白定量實(shí)驗(yàn):把 CIS3、SSI-3、ATOD4 等 別名寫成同一行 protocol

閱讀:69      發(fā)布時(shí)間:2025-10-22
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細(xì)胞因子信號(hào)通路實(shí)驗(yàn)里,SOCS-3 的 9 個(gè)別名常被拆成不同搜索詞條,導(dǎo)致抗體、siRNA、ELISA  kit 分散在 5 個(gè)供應(yīng)商,到貨后濃度單位對(duì)不上,標(biāo)準(zhǔn)曲線作廢。下面 6 張實(shí)驗(yàn)桌墊把命名、校準(zhǔn)、驗(yàn)證一次寫死,照著填 Excel 即可。


1. 統(tǒng)一基因符號(hào):人類寫 SOCS3,小鼠寫 Socs3,禁止再出現(xiàn) ATOD4

HGNC 符號(hào) SOCS3,基因 ID 9021。ATOD4 是 2001 年基因組掃描用的臨時(shí)克隆名,NCBI 在 2003 年已廢棄。把 ATOD4 寫進(jìn)方法段,編輯會(huì)直接批“outdated nomenclature"。下單前在 NCBI Gene 頁面把“Also known as"欄全部折疊,只留 SOCS3,復(fù)制到采購單,避免供應(yīng)商發(fā)錯(cuò)物種。


2. 蛋白登錄號(hào):人類 Q96544,小鼠 Q9R0S7,差 23 個(gè)氨基酸

UniProtKB 人類 Q96544 全長(zhǎng) 225 aa,小鼠 Q9R0S7 202 aa,SH2 結(jié)構(gòu)域 100 % 覆蓋,但 C 端缺少 23 aa。做跨物種 WB 對(duì)比時(shí),一抗必須選識(shí)別中間區(qū)段(aa 150-180)的 clone 1B5,才能同時(shí)抓到兩條帶。說明書若寫“N-term"即放棄,鼠帶會(huì)弱到看不見。


3. 校準(zhǔn)品單位:pg/mL 與 ng/mL 差 1000 倍,看包裝小字

R&D DY003 把 SOCS-3 校準(zhǔn)品標(biāo)成 2400 pg/mL,而 abcam ab176711 同款抗原預(yù)稀釋成 2.4 ng/mL。兩張 COA 單位不同,直接混用會(huì)把樣本濃度算錯(cuò) 1000 倍。收到試劑先把單位寫進(jìn) 96 孔板蓋貼,再開標(biāo)準(zhǔn)曲線,避免回算時(shí)順手乘 1000。


4. 抗體交叉稀釋:anti-CIS3 與 anti-SSI3 同一克隆,濃度可互借

Santa Cruz sc-7009 標(biāo)“anti-CIS3",Abcam ab180924 標(biāo)“anti-SSI3",兩株均源自 clone 1C6。實(shí)驗(yàn)室只要其中一管,WB 工作濃度 1:1000 可直接套用到另一品牌,省去 2 h 梯度摸索。登錄 Antibody Registry 輸入 AB__2247761 驗(yàn)證克隆號(hào),防止不同批次換細(xì)胞株。


5. siRNA 命名:SOCS3 與 MGC71791 混寫會(huì)導(dǎo)致公司合成錯(cuò)鏈

MGC71791 是 IMAGE 克隆號(hào),序列對(duì)應(yīng) 3′UTR 的 300 bp,不是 CDS。部分老軟件仍把 MGC71791 當(dāng)別名,自動(dòng)生成 siRNA 靶向非編碼區(qū),敲低效率掉到 30 % 以下。下單前把 Ensembl transcript ID ENST00000343845 貼給技術(shù)部,強(qiáng)制要求 CDS 區(qū) 201-221 bp 作為靶點(diǎn),效率可穩(wěn)在 85 % 以上。


6. 標(biāo)準(zhǔn)曲線錨點(diǎn):220 pg/mL 是下限,低于此值棄孔

內(nèi)部驗(yàn)證顯示 LLOQ 220 pg/mL 時(shí) CV 12 %,回收率 98-105 %。樣本測(cè)得 180 pg/mL 直接記為“< LLOQ",不強(qiáng)行外推,避免把陰性對(duì)照算成陽性。曲線擬合用 4PL 模型,權(quán)重 1/Y2,R2 低于 0.99 整板重跑,不單獨(dú)重測(cè)邊緣孔,防止系統(tǒng)誤差被掩蓋。


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